Мало кто знает, что изобретателем сидячего и стоячего аквабайка является один и тот же человек - Клейтон Джейкобсон Второй (Clayton Jacobson II).
Джейкобсон работал банкиром в Аризоне и увлекался мотоциклами, затем перенес свое хобби в водную стихию. Хотя ему очень нравились грязевые гонки на мотоциклах как метод борьбы со стрессом, он надеялся, что, перенеся это на воду, исчезнут жестокие аварии.

Оригинальная конструкция первого аквабайка была разработана ещё в середине шестидесятых годов двадцатого века. Приводимый в движение внутренним насосным водомётом, вместо навесного мотора, этот гидроцикл был полностью из алюминия и имел вертикальную ручку управления. В конечном счете, Джейкобсон оставил банковское дело и полностью посвятил себя разработке собственной идеи, и к концу 1965 года уже создал рабочий прототип. Он сильно отличался от современных аквабайков, но всё же некоторые сходства тоже присутствовали. Второй прототип был завершен уже через год и корпус его был выполнен из стекловолокна.

В 1967 году Clayton стал работать в корпорации Bombardier, которая выпускала снегоходы Ski-Doo. Он разработал сидячий аквабайк, известный как Sea-Doo, который появился в продаже уже в 1968. Корпус имел более округлую форму, по сравнению со стандартным корпусом с V-образными обводами, пояса наружной обшивки, был очень узким и длинным. Тем не менее, в таком дизайне были некоторые изъяны, поговаривали, что этот аквабайк был недостаточно мощным и громоздким со своим закругленным корпусом. Оригинальная модель имела двигатель с воздушным охлаждением мощностью 13 КВт, объемом 318 кубических см. И всё же проект страдал от механических проблем а также дешевых компонентов и материалов. В те времена Bombardier занимал ведущую позицию на рынке снегоходов, поэтому Sea-Doo выпускался ограниченное время с 1968 по 1970 годы. Затем выпуск продукции был остановлен и права на изобретение в 1971 году были возвращены Джейкобсону.
Не смотря на то, что Джейкобсон продолжал воплощать свою идею, он не мог заключать контракты с другими изготовителями до конца срока лицензии компании Bombardier, вплоть до 1971 года. На следующий день после истечения срока лицензии, Клейтон заключил партнерское соглашение с Kawasaki и продал им права на патент. Он разработал стоячую модель аквабайка, подобную предыдущему оригинальному проекту, для компании Kawasaki , породив марку Jet Ski. Различие состояло в том, что характерной особенностью стал разборной вертикальный столб, который вкручивался в палубу аквабайка. Концепция дизайна была направлена одного ездока.

В 1972 году Джейкобсон и Kawasaki создали 6 разных прототипов, прежде чем в 1973 выпустили на рынок только 2 модели: WSAA и WSAB. Позже Клейтон заявлял в суде, что Kawasaki расторгла соглашение юридическим путём и объявила ему, что не нуждается в его патентах. В 1976 он подал иск, а в 1979 конфликт был урегулирован. Kawasaki, тем не менее, оставалась эксклюзивным производителем аквабайков, до тех пор, пока Джейкобсон не заключил лицензионное соглашение с Yamaha в 1986 году. В связи с успехом Jet Ski компания Bombardier повторно выпустила Sea-Doo в 1988. К 1991 году Джейкобсон заработал около 3 млн. $ на авторском гонораре за аквабайк.

В 1989 году Джейкобсон снова начал судебный процесс против Kawasaki и её двух американских филиалов, заявляя, что они неправильно оформили патент на Jet Ski в Японии, назвав это изобретение собственностью работников компании. Прежние иски были отклонены судом, но позже Джейкобсону было присуждено 7,5 млн. $ в качестве компенсации убытков и 13,5 млн. $ штрафных санкций в июле 1991 за клевету и опорочивание. Тем не менее, в сентябре этого же года постановление было отменено, основываясь на том, что доказательства были недостаточными и было назначено новое разбирательство. Две стороны достигли соглашения в августе 1992 года. Сумма компенсации не разглашалась, но, тем не менее, Kawasaki Motors Corp. U.S.A. согласилась признать Клейтона Джейкобса изобретателем аквабайка и все обвинения против Kawasaki были сняты.